Амигдалин легко растворяется в спиртах и воде, скорость растворения его повышается при нагревании. Различными кислотами и ферментами витамин В17 гидролизуется в разной степени и по разным схемам, в результате чего после реакций остаются довольно разнообразные продукты, одним из которых может являться HCN – синильная кислота.
Молекула амигдалина представляет собой цепочку из двух молекул глюкозы, молекулы синильной кислоты и молекулы бензальдегида.
В зависимости от природы ферментов, действующих на амигдалин, происходит либо отщепление молекул глюкозы, либо бензальдегида, либо полный распад молекулы на 4 части.
Именно амигдалин обеспечивает достаточно специфичный запах горького миндаля. Два компонента молекулы витамина В17 — собственно, синильная кислота и бензальдегид — легко испаряются и имеют схожий запах, смесь которых и создаёт оттенок, которым активно пользуются парфюмеры.
В организме сам по себе амигдалин нейтрален, а его влияние на те или иные органы или процессы обусловлено свойствами веществ, на которые распадается его молекула.